《乌云之上》中的案件错综复杂，相互交织。
钟伟失踪案：钟伟是三江市刑侦支队副队长，在追查器官贩卖集团时突然失踪。实际上，钟伟是通过自导自演失踪事件，成功潜入犯罪集团核心层。他发现了犯罪分子的关键证据，为了不打草惊蛇，选择以失踪的方式深入虎穴，收集犯罪集团的罪证。
范灵灵碎尸案：这起案件的受害者是范灵灵，凶手将其尸体分割成等边三角形埋于监控盲区，反侦查能力极强。韩青从受害人衣物中发现省城奢侈品店的鞋印，顺藤摸瓜锁定白小惠，进而揭开其闺蜜范灵灵被灭口的真相。原来范灵灵为100万勒索金，意外卷入犯罪集团的阴谋，最终命丧黄泉。
白小惠绑架案：白小惠是健身房的前台，为了给患尿毒症的儿子治病，不惜铤而走险，与犯罪分子周旋。她掌握着一些犯罪分子的把柄，试图以此进行金钱交易，却因此被犯罪集团盯上。犯罪集团为了灭口，派人绑架了白小惠。
