《绝密较量》的结局是国安部门成功挫败了间谍组织的阴谋，将间谍人员一网打尽。
间谍组织覆灭：超级杀手卢卡被黎剑勒死在海里，头号间谍詹姆斯功亏一篑，被国安部门逮捕，他的两个助手泰勒和李太恒也相继落网。
国安人员受表彰：三处获集体二等功，杨光和田子薇获个人二等功。田子薇奇迹康复，与黎剑在一起。
赵亚苎的任务：赵亚苎是国家安全部江山计划的一员，代号江山2047。她一直卧底在詹姆斯身边，在关键时刻出手救了杨光，并协助抓捕了詹姆斯。之后，她因谢会长召见，去执行新的任务，与杨光暂时分离。
虽然杨光与赵亚苎这对有情人未能明确在一起，但他们都为了国家利益，继续在各自的岗位上默默奉献。
