《朱雀堂》结局呈现出多线发展，充满悲剧与黑暗延续的色彩，主要人物结局如下：
程立仁：作为程家养子，他实则是舞女红袖的双胞胎弟弟，为复仇潜入程家二十年。他成功手刃仇人程振东后，却被真正的幕后黑手一枪毙命，沦为了弃子。
程振东：已故枭雄程振东是整场阴谋的核心操盘手，他通过蛊毒控制警局局长。后来高英发现其借尸还魂操控全局，将蛊虫母体植入他的续命装置中，程振东最终在自己培育的蛊虫噬咬下化为枯骨。
影佐祯昭：程家背后的操控者是日本特务机关梅机关的首领影佐祯昭，他是真正的终极操盘手。结局暗示着高英炸毁程家地下军火库与程振东同归于尽后，影佐祯昭仍在继续谋划阴谋，镜头扫过远处茶楼，一个戴白手套的手正将金色线虫放入新宿主体内，黑暗仍在蔓延。
夏漠：这位天才法医发现自己被程家的金色线虫感染，且与亡妻之死真相有关。他可能选择怀抱所有秘密沉入黄浦江，以肉身的消逝换取灵魂的救赎，也可能是破案后悄然远走，带着心魔离开上海滩。
唐震云：他是正直的警探，在掌握权贵犯罪铁证后，被“自杀”于警局内，尸体旁摆放着伪造的认罪书。此外，高英曾将线虫样本偷偷植入他的伤口，暗示他或许已被改造为新一代人形蛊毒，成为幕后黑手操控上海滩的新傀儡。
孔顺：他是帮派二把手，也是十五年前程家灭门案唯一幸存者。在朱雀堂大厅的生死对峙中，他被两派人马用枪指着，最终他突然扑向程家安插在警局的暗棋，与对方同归于尽，以这种方式完成了复仇。
